С тех пор, как Канаме Мадока исчезла из жизни наших героинь многое изменилось. Никто, кроме Хомуры теперь не помнит, что когда-то розовласка существовала. О печально погибшей Мики Саяке так же редко вспоминают. А тем временем, богиня-Мадока очищает Самоцветы других волшебниц. У неё даже времени нет, чтобы хоть изредка поглядывать за жизнью подруг. К тому же, она даже не подозревает, как развивалась история на земле. Ведь у её родителей кроме младшего сына.... существует старшая дочь. Девочка, которая родилась в тот же день, что и Мадока. Она как две капли воды похожа на богиню, с одним только маленьким изменением: она носит очки и зовут её Мариса. Откуда она появилась, спросите вы?
Дело в том, что все следы Мадоки исчезли из нашего мира. Фактически, она даже не рождалась. Однако это не мешало её матери родить другую дочку, которая во всей этой истории попросту заменяла Мадоку. Именно Мариса стала старшей сестрой маленького мальчика из семьи Канаме и... волшебницей.
Мадока ничего об этом не знала, пока в один прекрасный день, спасая очередную девочку-волшебницу, она оказывается неподалёку от своих старых знакомых. Одна из девушек оказывается в опасности и богиня необдуманно вмешивается в ситуацию, спасая жизнь подруге, которая её уже и не помнит. Быть может, всё это и могло закончиться хорошо, если бы в компании бывших подруг Канаме не оказалась Мариса. Увидев саму себя среди подруг, Мадока решает принять осязаемы облик человека и ненадолго задержаться в этом мире, чтобы посмотреть, какую роль здесь играет эта девочка. Она вновь учится в школе, вновь разговаривает с некогда близкими друзьями, с Хомурой, что, разумеется, сразу узнала свою самую лучшую подругу, вновь видит мать... За радостями жизни богиня не замечает, сколько времени провела в мире, где ей быть не положено...
Вселенной нужно равновесие. А теперь, когда Мадока вернулась в жизнь, его больше нет. Тот мир, что Мадока с такой жертвой создала начинает медленно разрушаться. Кошмаров, ужасных новых противников волшебниц, становится всё больше, но и это ещё не всё. Непонятно откуда, периодически начинают появляться.... ведьмы. В принципе, они довольно слабы, так как являются лишь ожившими воспоминаниями некоторых людей. А масла в огонь подлило и то, что неожиданно у себя дома и в своей кровати очнулась.... Мики Саяка.
Мир встал с ног на голову. И лишь три человека в нём понимают, что происходит. Ведь только эти трое видели ведьм в своей жизни - Хомура Акеми, Мадока Канаме и вернувшаяся Мики Саяка. Конечно же, и без помощи прочих волшебниц им не обойтись. Что же дальше произойдёт?...